本文摘要：转载--基因表达水平及差异表达分析一个基因表达水平的直接体现就是其转录本的丰度情况，转录本丰度越高，则基因表达水平越高。在RNA-seq分析中，我们可以通过定位到基因组区域或基因外显子区的测序序列(...
转载--基因表达水平及差异表达分析
一个基因表达水平的直接体现就是其转录本的丰度情况，转录本丰度越高，则基因表达水平越高。在RNA-seq分析中，我们可以通过定位到基因组区域或基因外显子区的测序序列(reads)的计数来估计基因的表达水平。
基因表达量归一化：在高通量测序过程中，样品间在数据总量、基因长度、基因数目、高表达基因分布甚至同一个基因的不同转录本分布上存在差别。因此不能直接比较表达量，必须将数据进行归一化处理。
raw count 作为原始的read计数矩阵是一个绝对值，而绝对值的特点是规模不同（基因长度、测序深度），不可以比较。
Differentially expressed gene (DEG)：差异表达基因 Volcano Plot：火山图 fold change翻译过来就是倍数变化，假设A基因表达值为1，B表达值为3，那么B的表达就是A的3倍。
两个基因对比下调怎么看
序列比对：序列比对是一种比较两个DNA或RNA序列的方法，可以用于找出两组碱基之间的异同。常用的比对软件包括BLAST、Clustal等。通过比对不同组的碱基序列，可以找到它们之间的同源性，以及具体的差异。
基因上调logfc数值为正，下调数值为负。
如果你的样品是高等生物的话，基于已知的知识库结合你定量实验分析TF的话，有很多软件能够判断其上下调的特异性调节情况的。低等生物或者植物的话可能更多地结合序列预测等信息就比较麻烦点了。
如何两组差异基因进行比较,找出相同基因
1、另一方面，随着基因芯片技术的发展，在比较偶然的情况下，人们发现基因的表达量居然跟其进化速率有很强的相关性[5]，更重要的是，如果只考虑基因表达量类似的基因，功能重要性与进化速率的相关性就消失了[6]。
2、序列比对：序列比对是一种比较两个DNA或RNA序列的方法，可以用于找出两组碱基之间的异同。常用的比对软件包括BLAST、Clustal等。通过比对不同组的碱基序列，可以找到它们之间的同源性，以及具体的差异。
3、比较基因序列：一个DNA分子是由许多基因组成的。因此，比较两个不同的DNA分子的基因序列可以帮助我们确定这两个分子的相似性或差异。我们可以使用计算机程序比较两个基因序列，以便找出它们之间的差异。
4、局部比对：与全局比对不同，局部比对不必对两个完整的序列进行比对，而是在每个序列中使用某些局部区域片段进行比对。
5、基因数据库搜索：使用类似于NCBI（National Center for Biotechnology Information）提供的大型公共数据库，如GenBank或Ensembl等，搜索你感兴趣的基因名称或转录本ID。这些数据库包含许多物种的基因组和转录组数据。
基因序列差异分析
1、为什么差异基因分析这么流行？一是中心法则得到了确立，基因表达是核心的一个环节，决定了下游的蛋白组和代谢组；二是建库测序的普及，获取基因的表达水平变得容易。
2、其主要区别在于，同一病原体的不同基因序列，可能会导致病原体发生不同基因组变异，这对病原体的致病力以及对其所携带的抗生素耐药性等都会产生一定影响。
3、 ④对研究日的相同的微阵列实验筛选出的差异表达基因仅有少部分是霞叠的，即可重复性差 。 这些缺点让相同的实验在不同的实验室中却做出了不同的结果。
4、转录组测序是最常用的组学实验，对全谱基因定量，找到差异表达基因。
